一体型ギアボックス
BMW Motorrad史上初めて、フラットツインエンジンハウジングにギアボックスとクラッチが一体化しました。BMW Motorradのフラットツインエンジンでは初めて、シリンダーを別々にクランクシャフトケーシングに装着せず、直接一体化しています。クランクシャフトの中心で垂直に分割されている2つのダイカストシリンダークランクケースは、高強度アルミ合金製。その結果、2つのケーシングが、シリンダーとクランクシャフトのベアリングシートから成る高剛性接着構造となっています。ウォータージャケット付きのシリンダーはオープンデッキ構造です。ボアはBMW車のエンジンで使用されてきたように、低摩耗で低摩擦のスチールカーボン合金を用いた新しいアーク溶射プロセスを使用してコーティングされています。
一体型ギアボックスの設計は、重量バランスと捻れ剛性の面で明らかに優れています。コンパクトで軽量な構造と、これまでギアボックスの潤滑に必要だった付加的なギアボックスオイルが不要なります。これまでと同様のソフトな噛み合わせやメカニカルノイズの低減、滑らかな走りに、ギアホイールに用いられている高剛性のヘリカルカットスプラインが一役買っています。また、ギアボックスシャフトには従来同様のアンチフリクションベアリングを採用しながら、フリーギアホイールは低摩擦のニードルベアリングを採用しています。そのため、ギアホイールとギアのシフトは、ボールベアリングに取り付けられたスチール製セレクタードラム、端部が硬質クロムめっきの3本の浸炭シフトフォーク、対になったギヤホイールのフリクションロック接続に関するスライディングスリーブによって行われます。
ドライブは、R 1200 GSに初めて採用され、BMW Motorradによる最初のパラレルツインエンジンであって、以前の乾式単板カップリングの代わりに8枚の摩擦ディスクによる湿式多板クラッチが使われています。このソリューションの利点は、147 mm（R 1200 GS以前は180 mm）の外径が大幅に小さく、全体としてコンパクトな設計であるために、どちらも慣性トルクが小さくなります。また、フラットツインエンジンで初めて、クラッチシステムにアンチホッピングシステム（スリッパークラッチ）が内蔵されています。このエンジンブレーキを抑えた状態で、オーバーラン時にトルクが後輪に伝わり、減速時にバイクがより安定し、安全なハンドリングができます。
