インテークダクト
これまでのBMW Motorradフラットツインエンジンと異なり、空水冷式のR 1200 GSのエンジンでは空気が垂直に通り抜けます。これによって、吸気ダクトをカムシャフト制御とは独立して設計出来、両方のシリンダーで同じ吸気長を実現出来ました。従来の水平のエアフローと異なり、この垂直のエアフローが最適な形状の吸気ポートとシンプルなチェーンによるカムシャフトドライブを可能にしています。
R 1200 GSに初めて採用されたフラットツインエンジンは、新しいデジタルエンジンマネージメントシステムBMS-Xも採用されました。BMS-Xの主な特徴は、完全シーケンシャルのフューエルインジェクション、そしてコンパクトで低重量のレイアウトです。このトルクベースのα/N制御によるエンジンマネジメントでは、さまざまな影響変数が考慮されています。トルク伝達の制御がしやすく、E-GAS (電子制御スロットルコントロール)によってさまざまなライディングモードに割り当てられたレスポンス特性が幅広い条件に対応しています。エンジンマネージメントの基本は吸入空気量であって、これは開口角と回転速度によって間接的に決まります。エンジンコントロールシステムは、エンジンと環境に関する外部パラメーター（エンジン温度、気温、周囲の気圧を含む）と、特性マッピングと修正機能とを使用して、噴射量や点火タイミングを個別に調整して命令を出します。
混合気は開口幅がこれまでの50 mmから52 mmになったスロットルボディでの電子燃料インジェクションによって行われます。新設計の拡大した吸気の噴出と、大型のインテークサイレンサーで、インテークの冷気供給を最適化、つまり吸気の充填効率を最適化しています。
スロットルバルブは、E-GASシステムの電気モーターによって独立して動きます。ライダーの要求はスロットルグリップのセンサーによってデジタルエンジンマネジメントに伝わり、選択しているライディングモードに応じてスロットルバルブの開度が電子的にセットされます。
BMW R 1200 GSのE-GASでは、エンジン制御装置が中間圧力範囲の2本のシリンダー間の差を検知して、スロットルバルブで制御する方法で補正しているため、操縦しやすいバイクになり、アイドリング付近での走りが滑らかになります。オプション装備の「ASCとライディングモード」で、状況に応じて切り替えること、さまざまなスロットルレスポンス（ソフト、オプティマル、ダイレクト）を操ることができます。操縦性が大幅に改善されたため、スロットル制御ハンドルの角度を85度から70度に減らすことが可能になり、この技術は、オプションのクルーズコントロールと併用することもできます。また、BMW GSで初めて、長距離の旅路をより快適に走るクルーズコントロールシステムもR 1200 GSのオプション装備として登場しました。
